С www или без?

Определение главного зеркала для Яндекс.

Для того чтобы Яндекс склеил оба зеркала, ему нужно указать в директиве HOST домен основного сайта.
К примеру, если Вы хотите показать, что Ваш основной домен http://www.site.ru, то файл robots.txt у Вас будет выглядеть следующим образом:
User-agent: Yandex
Disallow:
Host: www.sitename.ru

User-agent: *
Disallow:
Sitemap: http://www.sitename.ru/sitemap.xml
Директива HOST предназначена исключительно для Яндекса, поэтому не лишним будет прописать (продублировать) необходимые директивы для роботов остальных поисковых систем.

Определение главного зеркала для Google.

Для определения главного зеркала для Google сделайте пошагово следующее:
1. Зарегистрируйте сайт в сервисе Google «Инструменты для веб-мастеров».
2. Изучив инструкцию, подтвердите права на управление сайтом;
3. Выберите в меню следующий пункт «Конфигурация сайта->Настройки->Основной домен» и поставьте галочку рядом с необходимым доменом.

Использование 301 редиректа.

Для того чтобы показать поисковым системам, что Ваш сайта http://site.ru/ - основной сайт, пропишите в техническом файле .htaccess, находящемся в корневой директории сайта, следующие строки:
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)(.*)$
RewriteRule ^(.*) http://%2/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^(site\.ru)$
RewriteRule ^(.*) http://site.ru/$1 [R=301,L]
RewriteRule ^robots.txt$ - [L]
Для того, чтобы показать поисковым системам, что Ваш сайта http://www.site.ru/ - основной сайт, пропишите в техническом файле .htaccess следующие строки:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site.ru
RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.ru/$1 [R=301,L]